De Scheldehavens vormen één van de belangrijkste economische polen in de Benelux. De totale maritieme goederenoverslag in de vier zeehavens van het Schelde-estuarium bedroeg in 1998 ongeveer 170 miljoen ton, met een gemiddelde jaarlijkse stijging in de orde van 2,5%. Het totale economische belang van de havens in het Schelde-estuarium werd voor het boekjaar 1997 geraamd op 180.000 werkzame personen -direct en indirect- en een toegevoegde waarde van 16 miljard Euro per jaar.
Een en ander leidt ertoe dat de vaarwegen in het Schelde-estuarium tot de drukste in de wereld behoren. Globaal zijn op de Westerschelde (de vaart naar en van Zeebrugge niet inbegrepen) jaarlijks omstreeks 200.000 vaarbewegingen waar te nemen. Ongeveer een kwart van deze vaarbewegingen komt voor rekening van de zeeschepen, een kwart omvat de binnenschepen, een vijfde bestaat uit de vaarbewegingen van veerdiensten, gevolgd door dienst- en werkvaartuigen en recreatievaartuigen met respectievelijk bijna een zesde en een achtste deel van de vaarbewegingen. Zodra de Westerscheldetunnel in gebruik is genomen zullen de veerdiensten afnemen. Hier staat echter tegenover dat door het veranderende bagger- en stortbeleid de baggerwerktuigen grotere afstanden afleggen. Naar verwachting zal ook de binnenvaart op korte termijn sterk toenemen als gevolg van nieuwe industriële en logistieke projecten in de Scheldehavens.
Van het totaal aanbod aan zeeschepen heeft ongeveer 60% bestemming Antwerpen. Alhoewel het aantal vaarbewegingen de laatste jaren constant is gebleven, is de bruto tonnenmaat verdubbeld. Tot 1998 vond de schaalvergroting vooral plaats bij schepen met een diepgang tot 12 m. Vanaf 1999 zijn de eerste effecten van de uitvoering van de 48/43/38-voet-verruiming merkbaar en neemt het aantal grotere (container)schepen toe. Als gevolg van lopende investeringsprojecten (Deurganckdok in Antwerpen, Kluizendok in Gent, Westerschelde Containerterminal en uitbreiding van de infrastructuur in de Braakmanhaven in Terneuzen) kan het aantal vaarbewegingen van zowel zeeschepen als binnenvaartschepen op korte termijn toenemen.
Na de realisatie van het 38/43/48-voet-programma zijn de Scheldehavens vlot bereikbaar voor volgeladen containerschepen tot en met 5000 TEU. De maximale grootte welke in de toekomst verwacht wordt op de Atlantische routes is 8000 TEU (14 m diepgang). Grotere schepen worden niet verwacht omdat deze schepen stuiten op de grenzen gesteld door de toegang tot de havens en de behandelingstechnologie in de verschillende Atlantische havens. Ook nu al doen containerschepen tot 5.600 TEU de Scheldehavens aan. Eenmaal is een schip van 6.200 TEU (weliswaar niet volgeladen) de haven van Antwerpen binnengelopen.
Wegens de relatief hoge waarde van de vervoerde goederen en de operatie in vaste lijnverbindingen hebben containerschepen een hoge tijdskost. Daarom verkiezen reders havens met een getijongebonden toegankelijkheid, zodat geen wachttijden worden opgelopen. Om deze redenen heeft de haven van Antwerpen gesteld dat een verdere verdieping die een getijonafhankelijke vaart voor schepen met een diepgang tot 14 m (46 voet) toelaat op korte termijn onontbeerlijk is.
Het nautisch beheer kan bijdragen tot een verhoging van de capaciteit van de vaarweg voor grote schepen. Een mogelijke richting is het gebruik van time-slots om de buiten de tij- en stroomvensters beschikbare getij-amplitude optimaal te benutten voor scheepscategorieën die niet door tij- of stromingsvoorwaarden beperkt worden. Een recente ontwikkeling in het beleid is het ontwikkelen van een gezamenlijk (Nederlands en Vlaams) nautisch beheer. Niet alleen vanuit morfologisch, maar ook vanuit nautisch oogpunt is de vaarwegstructuur op de Westerschelde gecompliceerd. Aandachtspunt hierbij zijn de dwarsstroming en grotere stroomsnelheden.
Het Schelde-estuarium wordt gekenmerkt door een zeer intensief verkeer van gevaarlijke stoffen. Specifiek voor het Schelde-estuarium is een omvangrijk transport van ammoniak ten behoeve van bedrijven in Sluiskil en Antwerpen. Met behulp van moderne scheepvaartbegeleiding (VTS, walradar) en andere maatregelen is het aantal zware scheepsongevallen stelselmatig gedaald. Niettemin liggen de risicocontouren op enkele plaatsen in Vlissingen, Breskens en Hansweert over het land. Dit is niet in overeenstemming met het Nederlandse beleid. Vlaanderen kent geen gelijkaardige regelgeving op dit terrein.