Het Schelde-estuarium is een dynamisch systeem dat als gevolg van menselijke ingrepen en exogene invloeden, in de loop der tijd, vele veranderingen heeft ondergaan. De morfologie van het estuarium en de mogelijke veranderingen daarin door deze ingrepen zijn van groot belang voor alle belangrijke functies in het gebied. Om die reden worden in deze paragraaf eerst de belangrijkste morfologische ontwikkelingen op de korte termijn geschetst.
Op dit moment vindt er een aantal ingrepen plaats in de Westerschelde die samenhangen met het 38/43/48-voet-programma. Deze ingrepen bestaan uit het verlagen van drempels uit de vaargeul, het aanpassen van vaarbreedten, de aanleg van geul wandverdedigingen en het opruimen van wrakken. Hiermee samenhangend zijn het bagger- en stortbeleid en het zandwinbeleid gewijzigd waardoor er binnen de Westerschelde sediment getransporteerd wordt in westelijk richting. Doelstellingen hierbij zijn het vergroten van de morfologische dynamiek en het minimaliseren van de baggerinspanning. Samenhangend met de huidige verruiming worden natuurcompensatieprojecten uitgevoerd.
De verwachting is dat het 10 à 15 jaar zal duren voor het getij en de bodem zich zullen hebben aangepast aan bovenstaande ingrepen. Deze verwachting is gebaseerd op een vergelijking met de verruimingswerken in de jaren 70. Tussen 1968 en 1976 liepen in de Westerschelde de baggerhoeveelheden op van 4,7 tot 12,8 miljoen m3/jaar en duurde het tot eind jaren 80 voor zich een nieuwe toestand instelde, met een jaarlijkse baggerhoeveelheid van 8 tot 10 miljoen m3/jaar.
Het estuarium bevindt zich in een overgangssituatie. De verwachting is dat in het oostelijk deel van de Westerschelde de dynamiek zich herstelt. Onzekerheden bestaan over de aanpassingen van de hoofdgeul. Met name over het risico dat de hoofdgeul verder wordt gefixeerd. Ook wordt verwacht dat het getijverschil toeneemt en dat de getijgolf verder het estuarium indringt. Niet zeker is of het gewijzigde stortbeleid, waarbij het langer duurt voordat sediment terugkeert op de baggerlocatie (de retourstroom), het gewenste effect heeft. Het morfologieonderzoek geeft aanwijzingen dat het geulen-en-platenstelsel in staat is de huidige bagger- en stortinspanningen te verwerken zonder dat hierdoor onomkeerbare ontwikkelingen in gang gezet worden. Verder
zijn er signalen dat het mondingsgebied sedimentexporterend wordt. Dit is een breuk met het verleden waarin zandbalansen altijd sedimentimport aangaven. Op langere termijn zou hierdoor een sedimenttekort kunnen ontstaan.
De morfologische effecten en de bovengenoemde onzekerheden vormen een zeer dominant gegeven voor het ontwikkelen van de Langetermijnvisie aangezien zowel de Natuurlijkheid, en de Toegankelijkheid alsook de Veiligheid hier in belangrijke mate mee samenhangen.